臺北汐止人，桃園南崁公學校畢業後，隨父親陳旺牧師至淡水定居，並進入淡水中學就讀。畢業後，進入日本九州熊本第五高等學校，1927年日本京都帝國大學理科畢業，並於同年回淡水中學任教。

1937年，進入東京神學院進修，1940年畢業後，先後任教於臺南長榮中學、臺北神學校、淡水中學，亦曾兼任教會牧師。

二二八事件發生後，身為淡水中學校長的陳能通眼見局勢不妙，先讓中南部的住宿學

生返鄉躲避，但因學生郭曉鐘並未返鄉，3月10日在淡水街上慘遭軍人槍殺。陳能通與

訓導主任黃阿統為其處理後事，返家後告誡其子:「你千萬不要到外面去參加做什麼

事喔!」但此句話卻成為陳能通最後的遺言。

陳能通返家後的次日（3月11日）早晨7點多，學校廚房的小弟帶著幾名軍人至陳能通家，強行將人從床上帶走，並搜刮家中物品，其父親陳旺追出後亦遭扣押。

陳能通與其陳旺軍人帶走後，陳家用盡各種方法打聽下落，3月12日陳旺被放回，才得知他們被載到海邊(淡水沙崙)，並被綁在樹上一晚後，僅陳旺被釋回，其他人則下落不明。

陳能通惹禍上身的理由，推測應與學校軍訓用槍枝被官方認為是攻擊政府的武器有關。