二・二八事件発生後、その知らせは淡水まで伝わりました。淡水の若者には、淡江中学に日本統治時代の軍事訓練用の銃が残されていることを知っている者がおり、これを奪取し、国民政府軍に攻撃を試みようとしました。この事件が後に陳能通校長が政府に連行される理由の一つとなりました。

二・二八事件で、淡江中学の生徒、郭曉鐘は路上で兵士に射殺されました。陳能通校長と黄阿統教務主任は、亡くなった郭曉鐘を弔い帰宅した翌日、陳能通の父の陳旺とともに兵士に連行されてしまいました。校長が連行されたと聞き、家の外に出た教師の盧園は銃で撃たれ、その傷がもとで亡くなりました。

1947年4月以前の校名は「淡水中学」であったが、同年4月、制度が改められ、校名も「淡江中学」と改称された。