1895年日本領有臺灣後，引進新式教育制度。其中，淡水女子學堂於1907年改制為淡水女學校，吸引了不少女學生就讀，在臺灣女子教育歷史上扮演著重要的角色。如臺灣第一位女醫師蔡阿信，即淡水女學校畢業的傑出校友。 

而淡水中學因經費短缺等因素，遲至1914年3月9日，即馬偕登陸淡水紀念日當天，獲准成立淡水中學。淡水中學與淡水女學校均以宗教精神立校，但因日本政府不允許學校自行辦理宗教教育，以及要求學校師生必須參拜神社，以致兩校遲遲無法被日本政府承認，學生到高年級後往往離開學校或至日本留學，制度上的限制使淡水中學的中輟人數逐年遞增。

1934年，隨著國際局勢緊張，總督府逐步加強國家的控制，教育政策上也轉趨強硬，於1936年8月15日，接管淡水中學校至二戰結束。雖然後期由日本人治理學校，但在積極認真辦學及終於日本政府認可下，納入正規教育體制內，學生得以升學，帶動朝氣蓬勃的校風，學生人數成長，升學率大為提高。