李登輝於總統任內對於過去歷史的傷痕，也開始進行轉型正義的工作。1995年2月28日，「二二八紀念碑」於臺北市二二八和平公園竣工，李登輝以國家元首身分向受難者家屬致歉。2004年開始，國家元首於每年2月28日均出席中樞紀念活動，為二二八事件致意、哀悼。之後，除了二二八事件的賠償與紀念，對於白色恐怖時期的受難者及歷史也開始進行研究與補償。