郭曉鐘為臺南人，二二八事件時就讀淡水中學，事件爆發後，淡水中學校長陳能通發覺局勢不對，便於3月初停課，緊急讓校內中南部的學生返鄉，但仍有幾位學生並未回家，郭曉鐘便是其中之一。

3月10日，淡水中學住校學生郭曉鐘在淡水鎮港務局辦事處對面的一家理髮店前，被突然衝進街上的軍隊射殺身亡，遺體被運回學校，並放在體育館的儲藏室內，校長陳能通及訓導主任黃阿統釘了一具簡單的棺材，並設法處理其後事。

郭曉舟為郭曉鐘兄長，其弟遭國民政府軍射殺身亡後，曾至淡水中學校長陳能通家中商量對策，卻於3月11日一早，在陳校長家中一同被押上卡車。郭曉舟等人先被綑綁於沙崙海邊，三天後，再被押上車載走，但郭曉舟於半路上被軍人趕下車，陳能通則不知去向。根據郭曉舟的陳述，羈押期間曾遭毆打、凌虐。