二二七緝煙衝突爆發後，警備總部參謀長柯遠芬承諾當眾槍決肇禍兇手、負擔死者治喪費並發給撫恤金、保證不再發生類似事件、專賣局局長當眾道歉。

2月28日下午六時起陳儀於臺北市發布臨時戒嚴令，禁止集會遊行，並規定每日下午八時到隔天上午六時為特別戒嚴時間，除特殊狀況，不得搭乘火車、公共汽車在市區通行。參謀長柯遠芬與副參謀長范誦堯均向陳儀建議，將緝煙案件交由警總軍法處辦理，但陳儀堅持應送普通法院審判，要求柯遠芬著手部署戒嚴事宜，當晚警備總司令部抽調輜汽二十一團的汽車9輛開赴基隆載運兩個守備中隊來臺北，又調動鳳山獨立團一營北上，不過被民眾攔阻於新竹。

3月1日警備總司令部宣布午後十二時起解除戒嚴，但仍禁止集會遊行。

3月3日警備總司令部宣布政府已經答應民眾要求，並已「和平寬大的處理了」，然而事實上陳儀卻已向南京請兵，準備鎮壓。

3月8日晚間國軍自基隆上岸，抵達臺北，長官公署與警備總部接獲情報，於22時30分下令總攻擊，逮捕於中山堂、日新國小開會的二二八事件處理委員會要員。

3月9日清晨6點警備總司令部參謀長柯遠芬透過廣播，宣布臺北、基隆戒嚴。

3月10日，陳儀對全臺廣播戒嚴令，下令解散二二八事件處理委員會及臺灣省政治建設協會等「非法團體」，臺灣省警備總司令部亦發布告民眾書，指出二二八事件是因「少數陰謀份子企圖利用機會奪取政權背叛國家，從臺北一隅開端，佔據廣播電臺，歪曲事實盡情渲染⋯⋯以至全省行政官吏或被挾持或被毆辱，政府機關或被佔領或被搗毀，外省公務人員及經商來臺者或被劫殺或被傷殘」。其後陳儀全面展開綏靖工作，期間大量逮捕、殺害無辜民眾。

警備總司令部亦發布〈清鄉計畫〉，組織情報網、運用特務、潛哨、清查戶口、鼓勵告密、連保連坐、填發國民身分證、收繳民間武器給警備總司令部。並頒布〈自首自新辦法〉。

5月15日綏靖、清鄉告一段落。

5月16日解除戒嚴。

事件後，台灣省警備總司令部改為臺灣全省警備總司令部，隸屬國防部，由彭孟緝擔任總司令。

其他：

李旺朝，1947年二二八事件發生期間，受難者以養豬為業。同年3月10日前往臺北市大安區買主家結算貨款，於返家途中，在警備總司令部遭國府軍逮捕，羈押半個月，並遭刑求，且隨身財物被奪。