二戰後，淡水中學與淡水女學校回歸教會管理。根據國民政府「臺灣省私立中等學校管理規則」等法規，私立學校需組織董事會經營，故長老教會派林茂生為學校理事長及代理校長。在新的組織型態下，淡水中學與淡水女學校逐漸步上軌道。1947年初爆發二二八事件，包括董事長林茂生及校長陳能通，部分師生等均遭受牽連，致使校務陷入混亂，學校經營進入動盪。

 二二八事件期間，學校暫停上課，至4月16日才復課，由當時的臺北市長游彌堅擔任學校董事長兼校長，淡水中學與淡水女中合併為私立淡江中學男子部與女子部。

 1948年3月，淡江中學男、女兩部再次分開經營，此後淡江中學的經營權與分合再度進入一段動盪的時期，六年間更換了十任校長，或遭政府打壓等。這也反映在學生的表現上，像是淡江中學引以為傲的橄欖球隊表現，不如以往亮麗。 

迄1955年，動盪的情況才漸趨穩定，男女兩校再度展開合併作業，至1956年再度合為淡江中學，並逐步穩健發展。