據鄉中耆老說法，由於事件期間風聞各地警局遭襲，金山警局警員隨即逃逸一空。為維持地方秩序，鄉民便自組保安團，並推鄉長賴崇壁之子賴武明為首。保安團上手臂上均綁紅布條，頭戴紅帽，前往接收警局槍枝。保安團取得武器後，就到對街的慈護宮去祭拜，隨後，保安團又包圍位於獅頭山的砲臺。

在事後由鄉長賴崇壁呈報台北縣政府的〈金山鄉二二八事變經過情形調查〉，對保安團的活動有如下敘述：

3月2日暴徒數十，多數攜帶利刃脅嚇警察，強奪派出所武器。

3月3日鄉內鄉外暴徒百數人成群結黨恐嚇民眾，敲詐善良搶奪國軍兵舍，並準備搶奪國軍武器。

3月4日組織保安隊包圍金山砲臺臺長，強要軍部武器，因該臺長峻拒不屈，幸得該臺國軍周密防備，所以企圖不遂。

3月4日以金山砲臺臺長見形勢惡化，秘密派兵向司令部告急，為暴徒偵悉，派大隊人員逮捕，竟被拘禁數名。

3月9日擅自發出通知單，迫召鄉內青年，強制編入保安隊員企圖擴大充實實力。

基隆要塞司史宏熹電陳儀（3月9日）：「據本部駐金包里（距光三十公里，距該大臺部四十五公里）第一臺長孫經邁報稱，該臺被暴徒圍困數日，官員一員帶手槍赴電報局打電話失蹤，情況危急，請速增援等語，本部正派兵增援中」。

3月9日，史宏熹由第一總臺抽調兩班歸第二總臺第一大臺趙華章指揮，前往解圍。

3月10日，史宏熹復派上尉參謀李省三、湯繼榮二員率同 438 團第二營第一連前往接應。

史宏熹3月15日報告稱「本月十日派兵增援清繳，計擊斃匪首一名，匪徒八名，現仍飭該臺秘密戒備，繼續施行肅清中」 ；〈金山鄉二二八事變經過情形調查〉稱「三月十日司令部援兵到達，相應本鄉駐在國軍開始緝捕暴徒，治安自此復舊。」

3月10日14時，一輛軍用卡車自淡水方向駛入金山（今中山路），過了農會後開始開槍掃射，高式環、吳蓋一夫婦當場死亡，士兵將兩人身上的金飾洗劫一空，並將屍體綁在車後，拖至民生路公園路口，以倒栽蔥方式埋入土中，另有在場許崇榮兄弟，則臥倒在路旁泥濘的田溝中佯死，逃過一劫。廟公黑軟仔目睹阿兵哥毫無人性殘殺老百姓，當場被驚嚇成瘋，終其一生瘋瘋癲癲。另有肉販劉萬壽在豬肉攤前被國軍所殺。

鄉公所職員許松章回憶：「軍隊開進鄉時，無人敢踏出公所大門，大家都嚇得躲在桌子下面，後來在我的住處（按許住公所隔壁的宿舍）吃飯，甚至到了晚上仍然沒有人敢回家。」

3月11日晨，郭呆仔在自宅外被國軍所殺。

3月11日，臺長孫經邁宣稱要召集金山一帶領袖，到鄉長賴崇碧家中開會。根據臺北縣參議員許海亮之子許榮文回憶：「那時時局不安，母親反對父親前去，但父親說只是去開會而已，就去了。後來才知道他們根本沒有開會，就只抓我父親一人」。

3月16日，萬里鄉國聖村漁民蔡福在金山慈護宮前遭國軍以「參加二二八事件暴動份子」罪名公開槍斃。

3月23日，獅頭山砲臺砲彈遺失事件涉嫌者林勝章主動前往警局投案，孫經邁臺長得知後，帶士兵至分駐所將在押的六人帶往水尾村海灘準備槍決。金山國校教師顧淑華此時亦含淚跪地叩頭求情，故賴炳鎮、林勝章、許福枝僅以空包彈行刑，其餘四人則當場死亡。



其他：

蔡福，金山鄉國聖村人，農、漁，3月16日10時，於返家途中遭國軍押往金山；15時，里長到蔡家通知蔡福已於金山遭到槍決，屍體被綁在廟前柱子上，身中三槍。