1947年3月1日到3日，市內及市郊民眾與憲警軍隊的衝突時有所聞，大抵是軍警肆意開槍而發生，遭受槍擊死傷的市民不計其數，參議會曾因此向要塞司令部抗議軍警的橫行妄舉。 3月2日一群碼頭工人襲擊第十四號碼頭軍用倉庫，隨後被武裝部隊擊退，死傷多人，均被投入海中。

3月7日，要塞司令部重新調整兵力部屬，以陸戰隊進駐14至18碼頭，及命第一總臺在第18碼頭設立指揮所。

3月8日上午，要塞司令部報稱破獲謀炸碼頭以妨礙軍隊登陸的炸藥二十餘車。

英國淡水領事報告指出，英商Mr.Clark目睹要塞部隊配合國軍登陸而進行「肅清」街頭的情景，略謂：「（八日）大約下午二時，步槍和機槍密集射擊，持續兩小時，街上空無一人，中國軍隊未有特定射擊目標，其目的在於藉此示威以恫嚇市民。五時，自福州載運二千士兵前來的軍艦海平號靠岸，留駐二百名，其餘的於九日清晨抵臺北市。」另指出：「翌日（九日），Mr.Bolton前往辦公室途中一再被武裝士兵喝令停止。槍聲從清晨開始，幾乎未曾中止，持續至十日中午。如前所述，直到目前為止其性質似乎全然是暴力的。士兵們小心地前進，向著巷子或路邊盲目地射擊，絲毫不在乎他們打到人，也不管事實上並沒有人反抗。......他發現在士兵射擊空街下，基隆一片死寂。」

據地方文史工作者李正仁轉述，今東一碼頭，北側為田寮河出口、西側為旭川出口，因此田寮河與旭川中的物體，往往被沖入東一碼頭，又因水流方向，留於東一碼頭。據稱，二二八事件期間，浮屍河中的屍體亦是如此。

二二八事件中，被捕後在基隆港邊被槍殺，丟入海中者不少，如基隆市議員楊元丁之屍體，便於3月10日在港邊拾獲；林木杞證言與他同時被丟入港內者，約達81名；市民郭鍾美站在窗口看，前後四、五天，基隆港陸續有屍體浮上來，陸續有人認領。台灣旅京滬七團體則於3月中提出的報告書中指稱，基隆軍隊用鐵絲穿過人民足踝，樹人綑縛一起，單人則裝入麻袋投拋海中。



浮屍基隆港者：

王名朝，鐵路局職員、臺灣省鐵路乘務員公會會長，3月9日於華山車站機務段宿舍遭便衣押走，屍體於基隆港尋獲，王名朝名列陳儀十三日呈報蔣「主犯名單」。

李坤輝，3月初於基隆市安樂區定國里自宅遭國軍逮捕，後於基隆港碼頭發現屍體。

廖再興，鐵路局員工，3月初於瑞芳街自宅遭七十軍逮捕，數日後於基隆港遭槍殺。

吳木樹，3月9日遭國軍槍殺於基隆車站附近，並棄屍於基隆港。

許炎山，八堵車站車號司事，3月11日於八堵街上遭國軍逮捕，數日後於基隆港發現屍體。

楊國仁，寶光國校教師，3月9日遭國軍逮捕，3月12日遭以鐵絲綑綁投海，浮屍基隆港。

吳彬男，基隆市郵電局員工，與林漢強、陳德汀於宿舍（基隆市延平街十號）遭警憲逮捕，押往學校操場，3月14日浮屍基隆運河，被發現時與另一具屍體用繩子綁在一起。

林漢強，基隆市郵電局職員，3月8日在郵電局宿舍遭國軍逮捕，3月12日浮屍於基隆港。

陳獅，於基隆港務局之補給水船工作，3月14日傍晚遭國軍逮捕，翌日被槍殺後棄屍基隆港。

林清泉，3月9日在信二路自宅遭國軍逮捕槍殺，16日於東三碼頭發現屍體。

王萬居，基隆通運公司職員，於上班途中遭國軍逮捕，3月16日於基隆港東岸碼頭發現其屍體。

楊德慶，古物、南北貨商，3月25日前往基隆車站接領雜貨，遭國軍逮捕，27日於基隆港一號碼頭發現其屍體。

高天和，經營米店，三月底遭國軍逮捕，4月3日陳屍於基隆港。

林寶琛，漁民，3月間外出購物時遭國軍逮捕，3月15日遭槍殺於基隆港碼頭邊。

張明，基隆通運公司，在基隆市中山一路區公所前遭國軍逮捕，3月16日，在基隆港東岸碼頭發現其屍體。



基隆港相關從業人員：

陳朝俊，基隆港築港工，3月8日夜間外後於三沙灣遭國軍逮捕，迄今生死不明。據郭進益所述，其鄰居中有陳朝俊與王金火、「阿獅」、「申金」四人被捕，除陳朝俊外三人有發現屍體。

陳文儀，基隆港務局員工訓練所漢語教師，3月2日遭楊姓員警槍殺，陳屍於港埠河濱公園。

陳萬成，基隆港工人，在自宅遭國軍逮捕，3月13日於基隆海邊槍殺，陳屍於廟口附近海邊。據家屬所言，其屍體與另外兩具屍體為鐵鍊所綁在一起。

翁麗水，碼頭工人，3月8日自碼頭工作崗位返家，途中遭海港大樓上的國軍槍殺。

謝福清，商，3月10日前往公園頂菜市場工作，遭國軍逮捕，18日在碼頭發現其屍體。

林永魁，農，江子翠人，3月6日赴基隆訪友，因見事態混亂，未即時返家。待到3月10日，以為事件平息，便外出買菸，即遭國軍逮捕，殺害於今車站前廣場。

陳德芳，基隆港務局職員，3月9日上班途中失蹤，迄今生死不明。其父赴港務局詢問，只得知陳德芳與一群人遭國軍帶上船，載離碼頭。

黃永全，基隆碼頭工人，事件期間於老闆家中遭國軍逮捕，同時被捕者約四、五人。據同時被捕者黃金井言，黃湧泉可能被打死在一防空洞內，家屬赴防空洞找尋，只見其木屐，不見其屍體。

高聰炎，臺灣通運公司職員，3月6日遭國軍殺害。家屬聽聞其屍體被拋入基隆港十八號碼頭，但始終未尋獲。



倖存者：

潘東生，事件期間，在基隆港碼頭邊見國軍開槍掃射，因懼怕跳海逃生，數年後方返家。

林木杞，警局工友，遭國軍逮捕，與其他被捕者九人一組，手腳以鐵線穿過綑綁，於港邊槍殺，林木杞被先落入海中的被捕者拖入海中，後自行掙脫鐵線上岸，不久後又遭逮捕，羈押四個月，並遭刑求，且失去工作。

青山先澤，漁船「播生丸」船長，事件期間出海捕撈後駛回基隆港途中，遭國軍開槍射擊，船員11人（9名臺灣人、2名琉球人）中，8名臺灣人身亡，其後國軍將屍體投入海中，青山先澤等人則被帶往基隆要塞司令部訊問後釋放。

上原吉助，走私船員，事件期間抵達基隆港，見基隆港內浮屍處處，槍聲四處可聞，並聽說有不少琉球人被殺。上原吉助在基隆靠岸時，聽說國府下令不准外出，因此大部分時間都躲在船艙或房間裡。



失蹤：

陳增慶，臺灣紙業職員，事件期間於基隆港附近失蹤。

吳清直，任職基隆打撈公司，事件期間於下班途中遭國軍逮捕後失蹤。據證人陳金溪陳述：「吳清直是我的大舅......吳清直的母親（我岳母）不知接到何人通知，說吳清直被捉去填海，他去基隆幾次，找了近一年都找不到屍體。」

林明傳，臺灣通運公司職員，據申請人陳述，3月8日，林明傳於上班途中遭遇在基隆港登陸之國軍後便未返家。數日後家人進入港區尋之，僅見其失蹤當時所穿衣物被撕破散落一地，卻未尋獲其屍體，據說受難者已經遇害。