高雄市役所，即高雄市政府，原設於哈瑪星湊町，即今高雄市鼓山區，因隨高雄發展，不符使用，是以遷移。新市役所建築於鹽埕榮町，即今高雄市鹽埕區，於1938年動工，於1939年完工，由大野米次郎設計監造，為帝冠式建築。1939年市役所遷至此，1945年國民政府接收後，改為高雄市政府。1992年市政府遷移至苓雅區四維大樓。之後，原市政府建築改為高雄市立歷史博物館，是臺灣第一座都市史博物館，展覽高雄歷史為主，為認識高雄市史必參觀之地，此建築也見證了高雄市歷史的變遷。但二二八事件期間，高雄市政府卻是全臺灣單一地方因鎮壓而死最多人之處。

二二八事件期間，因為駐軍過度反應，高雄市區發生多起軍人開槍致市民死傷事件。為解決市區軍民對立之極度緊張，3月4日市政府召開市民代表大會，並派遣市長黃仲圖、副議長林建論、時任《臺灣新生報》常務董事陳啟川等3名代表，下午2時驅車前往向高雄要塞本部談判，決定軍警不繳械即時撤退營房，而民眾必須冷靜不再起事。但衝突事件仍然不斷，3月5日更發生臺電電務組組長駱好清上班途中被擊斃於鼓山路。是以，當日市長再次上山會談，此時要塞司令彭孟緝要求市長徵求大家意見，進一步商討具體可行的妥善辦法，相約於次（6）日再來司令部共同商談。於是6日市長再次召集市民代表開會，推派市長、議長等7人前往要塞司令部談判。但彭孟緝突然藉口有刺客與市政府已被暴徒佔據為由，於下午2時發動高雄市全面鎮壓。

軍隊兵分三路進攻市區，沿途開槍，到達市政府即從大門攻入。部分離大門較近人士遭槍擊；有人躲至市府大門旁地下防空洞；有人從市府側門逃出；也有人企圖跳入愛河逃亡，但卻被鐵絲網勾住，而遭士兵開槍。如後來擔任高雄市長的王玉雲回憶，他就是從後門逃出，躲到市府後的妓戶中而逃過一劫。

至今舊市政府外牆仍殘留彈痕遺跡隱隱可見，原建築現已改為高雄市立歷史博物館，在2樓有高雄二二八事件常設展，見證與述說過去這段殘酷的悲劇。